One-Time Password は「認証」をより安全に行う手法です。 login してくるのが本人かどうかを、通常の UNIX パスワードよりは安全に 確認するための手法です。したがって、通信全体としては以下の問題があります。
だれかがネットワークを盗聴していたら、パスフレーズこそ入手できない ものの、login 後にあなたが見るものは全て盗聴者に入手されてしまいます。 これを防ぐには、通信路を暗号化するしかありません。
上記の限界に留意した上で One-Time Password をお使いください。